Centrum Onkologii jest samodzielnym publicznym zakładem opieki zdrowotnej, którego organem założycielskim jest Samorząd Województwa Kujawsko - Pomorskiego.

Centrum działa na podstawie:

1. ustawy z dnia 30 sierpnia 1991r. o zakładach opieki zdrowotnej (DZ.U. Nr 91 poz. 408 z późn. zm.),
2. przepisów wykonawczych wydawanych na podstawie w/ w. ustawy,
3. statutu Centrum Onkologii
4. zarządzenia nr 17/90 Wojewody Bydgoskiego dnia 16 marca 1990r., w sprawie utworzenia Regionalnego Centrum Onkologii w Bydgoszczy,
5. zarządzenia nr 161/93 Wojewody Bydgoskiego dnia 23 listopada 1993r. w sprawie zmiany nazwy Regionalnego Centrum Onkologii - Szpital im. prof. Franciszka Łukaszczyka w Bydgoszczy,
6. zarządzenia nr 14/98 Wojewody Bydgoskiego dnia 28 sierpnia 1998r. w sprawie przekształcenia Regionalnego Centrum Onkologii - szpital im. prof. Franciszka Łukaszczyka w Bydgoszczy w samodzielny publiczny zakład opieki zdrowotnej,
7. postanowienia Wojewody o wpisie do rejestru zakładów opieki zdrowotnej,
8. postanowienia Sądu Rejonowego o wpisie do rejestru (KRS 0000002329)
9. na podstawie Uchwały Nr 12/146/2003 Sejmiku Województwa Kujawsko - Pomorskiego z dnia 21.07.2003r. w sprawie zmiany nazwy Regionalnego Centrum Onkologii - szpital im. prof. Franciszka Łukaszczyka w Bydgoszczy oraz zatwierdzenia Statutu Centrum Onkologii,
10. decyzji Urzędu Skarbowego z dnia 6 października 2003r. o nadaniu numeru NIP (NIP 554-22-17-419),
11. decyzji Urzędu statystycznego z dnia 3 października 2003r. o nadaniu numeru Regon (Regon 001255363).