1. Dyrektorowi podlegają następujący dyrektorzy pionów:
   
   Dyrektor ds. Medycznych;
   
   Dyrektor ds. Ekonomicznych - Główny Księgowy;
   
   Dyrektor ds. Logistyki.
    
2. Komórkami organizacyjnymi Centrum są: działy, oddziały,zakłady i inne komórki.
3. Szczegółową strukturę organizacyjną Centrum oraz zakres działania poszczególnych komórek organizacyjnych określa regulamin porządkowy ustalony przez Dyrektora Centrum i zatwierdzony przez Radę Społeczną.

Strukturę Centrum tworzą:

1. Pion Dyrektora:

• Dział Spraw Pracowniczych;
• Dział Zarządzania i Marketingu;
• Zespół ds. Ochrony Radiologicznej;
• Zespół ds. Obrony Cywilnej;
• Zespół ds. bhp i ppoż.;
• Zespół ds. Technologii Medycznych i Informatyki.

2. Pion Medyczny:

• Przychodnia z poradniami i pracowniami specjalistycznymi:
  • Chemioterapii,
  • Chirurgiczna,
  • Chirurgii Klatki Piersiowej i Nowotworów wraz z pracownią bronchoskopii,
  • Chorób Piersi,
  • Endokrynologiczna,
  • Gastroenterologiczna,
  • Ginekologiczna,
  • Laryngologiczna,
  • Onkologiczna,
  • Psychologiczna,
  • Radioterapii,
  • Stomijna,
  • Urologiczna,
  • Anestezjologiczna i Walki z Bólem,
  • Medycyny Nuklearnej,
  • Konsultacyjna,
  • Gabinet Lekarza Zakładowego,
  • Pracownia EKG,
  • Chirurgia Jednego Dnia.
     
• Centrum Diagnostyczno-Lecznicze – Filia we Włocławku;
  
• Izba Przyjęć;
  
• Dział Anestezjologii i Intensywnej Terapii:
  • Oddział Intensywnej Terapii.
     
• Dział Zabiegowy:
  • Oddział Kliniczny Chirurgii Onkologicznej,
  • Oddział Kliniczny Chirurgii Klatki Piersiowej i Nowotworów,
  • Oddział Kliniczny Ginekologii Onkologicznej,
  • Oddział Chorób Piersi,
  • Oddział Urologii Onkologicznej.
     
• Dział Sal Operacyjnych;
  
• Dział Onkologii Klinicznej:
  • Oddział Chemioterapii,
  • Oddział Kliniczny Onkologii,
  • Ambulatorium Chemioterapii.
     
• Dział Radioterapii:
  • Oddział Kliniczny Brachyterapii,
  • Oddział Radioterapii I,
  • Zakład Teleradioterapii,
  • Zakład Brachyterapii,
  • Zakład Fizyki Medycznej,
  • Oddział Radioterapii II.
     
• Apteka;
  
• Centrum Profilaktyczno-Diagnostyczne:
  
  • Zakład Profilaktyki i Promocji Zdrowia:
    • Poradnia Promocji Zdrowia,
    • Poradnia Profilaktyki Chorób Piersi,
    • Poradnia Genetyczna,
    • Studio Zdrowia Kobiety,
    • Pracownia Mammografii – mammobus,
    • Zespół Edukacyjny.
       
  • Zakład Radiologii:
    • Pracownia MR,
    • Pracownia TK,
    • Pracownia Rentgenodiagnostyki Ogólnej,
    • Pracownia Rentgenodiagnostyki Zabiegowej,
    • Pracownia Mammografii,
    • Pracownia USG.
       
  • Zakład Medycyny Nuklearnej:
    • Pracownia PET – CT,
    • Pracownia Scyntygrafii,
    • Pracownia Terapii Izotopowej,
    • Pracownia Produkcji Radiofarmaceutyków – Cyklotron,
    • Pracownia Kontroli Jakości.
       
  • Zakład Endoskopii:
    • Pracownia Gastroskopii,
    • Pracownia Kolonoskopii.
       
  •  Zakład     Diagnostyki Laboratoryjnej;
    
  • Zakład Mikrobiologii;
    
  • Zakład Patologii Nowotworów i Patomorfologii;
    
  • Zakład       Rehabilitacji:
    • Poradnia Rehabilitacyjna,
    • Pracownia Fizjoterapii.
       
  • Dział Centralnej Sterylizacji;
    
  • Dział Dokumentacji i Statystyki Medycznej;
    
  • Zespół Wsparcia Duchowego.

 3. Pion Ekonomiczny

• Dział     Finansowo-Księgowy;
• Dział Zamówień Publicznych i Kontraktowania Usług. 

  4. Pion Logistyki:

• Dział Techniczny;
• Dział Administracyjno – Eksploatacyjny;
• Zakład Utylizacji Odpadów Medycznych;
• Kuchnia;
• Hotel POZYTON.